En 1990 se casa con la joven y talentosa actriz cubana Deborat Marrero y, al tomar la decisión de romper con el periodismo oficial y pasar a la oposición activa, convencido de que las opciones que le esperaban eran cinco y ninguna buena: fusilamiento, cárcel, destierro, manicomio o que lograran que se retractara, decide divorciarse. La actriz era 20 años más joven que él.
Durante tres años sobrevive vendiendo su amplia biblioteca en un puesto de venta de libros en La Virgen del Camino y, cuando se acabaron sus libros, vende su fondo de armario –sus mejores y pocos trajes- y, cuando se acabaron los trajes, coquitos (dulces) en el portal de su casa en Bacuranao (pueblo).
Terminando 1994 conoce el abogado disidente y Miembro de la Corriente Agramontista Leonel Morejón Almagro, a través de su amigo, el joven Miguel Rivero de Quesada, que había sido brutalmente golpeado en Marianao por haber salido por toda la avenida con un pulóver que decía “Abajo Fidel”. Entre San Francisco y Morejón Almagro surgió una amistad inmediata, que dura hasta hoy, y en pocas horas pasó a ser miembro de la organización ecologista Naturaleza y Paz, (NATURPAZ) que se reunía debajo del puente del Río Almendares de La Habana, siempre rodeados de carros patrulleros.
En Mayo de 1995 Julio San Francisco se enteró por su amigo, el también periodista Reynaldo Escobar, expulsado de Juventud Rebelde algo antes mediante una Asamblea-Mitin de Repudio y esposo de la hoy famosa bloguera Yoani Sánches, de que el amigo común Raúl Rivero organizaba una agencia de prensa independiente. San Francisco lo visitó inmediatamente y Rivero le explicó el proyecto en ciernes y finalmente le dijo “Te convoco a que te incorpores a Habana Press”. “Hecho”, le respondió San Francisco y empezó a llevarle artículos para difundirlos o publicarlos en medios de Estados Unidos.
Una noche de septiembre de 1995, en la casa de Morejón Almagro, al brillante abogado se le ocurrió la idea de llamar a la constitución de Concilio Cubano. La siguiente mañana Morejón Almagro y San Francisco fueron a la casa de otro disidente en el Cerro y efectuaron la primera reunión donde el autor de la idea, propuso el primer proyecto de unidad de la oposición cubana interna y externa que fue acogida entusiastamente por todos los presentes.
Esa misma noche Morejón Almagro y San Francisco redactaron las Bases de Concilio Cubano en la casa del primero e inmediatamente empezaron a visitar, en bicicleta, a disidentes en toda la ciudad, entre ellos a Oswaldo Payá Sardiñas, Martha Beatriz Roque, Vladimiro Roca, para invitarlos a incorporarse a la nueva coalición. Julio San Francisco se comprometió con Leonel Morejón Almagro a que Habana Press sería la agencia que ofrecería toda la información sobre Concilio Cubano.
En ese mismo mes –septiembre del ’95- Rivero decide fundar su propia agencia, CubaPress, pues HabanaPress era un proyecto que compartía con el periodista, también fundador, Rafael Solano, Premio Rey de España de Periodismo. San Francisco se queda en HabanaPress, como subdirector editor y, con Solano, reorganiza la agencia y capta un nuevo staff de periodistas.
Empieza a informar diariamente para Radio Martí y participa como panelista en el noticiero del medio día de esta emisora y en la célebre Mesa Revuelta del no menos célebre Agustín Tamargo, en Miami.
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